A entidade nasceu da necessidade legal da Casa de Saúde Santa Marcelina ter uma associação independente, que focasse nos serviços sociais, já iniciados pelo hospital em outubro de 1977. Em 18 de janeiro de 2012, oficializou-se a criação da Eny Vieira.
Desde sua fundação, a instituição atua com foco na proteção à família, infância, adolescência e juventude, bem como na promoção da integração ao mercado de trabalho. Para isso, acolhe mais de 5 serviços no bairro Itaquera, atendendo, aproximadamente, 2 mil pessoas diariamente. Sendo uma referência de ação social na zona leste de São Paulo.

O nome da associação é uma homenagem à querida Irmã Eny Vieira Machado, que dedicou sua vida à frente dos serviços sociais, desde 1977, quando surgiu o Centro da Criança e Adolescente – CCA Santa Marcelina.